Noua instituţie a fost înfiinţată prin preluarea Laboratorului Central Fitosanitar, a Agenției Naţionale Fitosanitare, din cadrul Ministerului Agriculturii și a unităţilor fitosanitare din cadrul direcţiilor pentru agricultură judeţene și a municipiului București, care se desfiinţează. Prin înfiinţarea, organizarea și funcţionarea Autorităţii Naţionale Fitosanitare sunt vizate, în principal, următoarele aspecte:

 optimizarea activităţilor în domeniul fitosanitar prin desfiinţarea  structurilor centrale și teritoriale existente, aflate în coordonarea mai multor instituţii și crearea unei singure autorităţi cu atribuţii extinse; 

 întărirea controlului fitosanitar teritorial și vamal al plantelor, produselor vegetale și produselor de protecție a plantelor;

 finanțarea din venituri proprii și subvenții acordate de la bugetul de stat;

 realizarea de  venituri proprii prin perceperea de taxe și tarife pentru serviciile prestate; 

 consolidarea sistemului de inspecție a echipamentelor de aplicare a produselor de protecție a plantelor; 

 consolidarea sistemelor de instruire și certificare pentru utilizatorii profesioniști, distribuitorii de produse de protecție a plantelor.

Autoritatea Națională Fitosanitară este autoritatea competentă de reglementare și control în domeniul fitosanitar, respectiv, al organizării și funcţionării sistemelor de protecţie a plantelor, de omologare, comercializare, utilizare, și control al calităţii produselor de protecţie a plantelor, al reziduurilor de pesticide în plante și produse vegetale, precum  și al utilizării durabile a pesticidelor.