Noua instituţie a fost înfiinţată prin preluarea Laboratorului Central Fitosanitar, a Agenției Naţionale Fitosanitare, din cadrul Ministerului Agriculturii și a unităţilor fitosanitare din cadrul direcţiilor pentru agricultură judeţene și a municipiului București, care se desfiinţează. Prin înfiinţarea, organizarea și funcţionarea Autorităţii Naţionale Fitosanitare sunt vizate, în principal, următoarele aspecte:
optimizarea activităţilor în domeniul fitosanitar prin desfiinţarea structurilor centrale și teritoriale existente, aflate în coordonarea mai multor instituţii și crearea unei singure autorităţi cu atribuţii extinse;
întărirea controlului fitosanitar teritorial și vamal al plantelor, produselor vegetale și produselor de protecție a plantelor;
finanțarea din venituri proprii și subvenții acordate de la bugetul de stat;
realizarea de venituri proprii prin perceperea de taxe și tarife pentru serviciile prestate;
consolidarea sistemului de inspecție a echipamentelor de aplicare a produselor de protecție a plantelor;
consolidarea sistemelor de instruire și certificare pentru utilizatorii profesioniști, distribuitorii de produse de protecție a plantelor.
Autoritatea Națională Fitosanitară este autoritatea competentă de reglementare și control în domeniul fitosanitar, respectiv, al organizării și funcţionării sistemelor de protecţie a plantelor, de omologare, comercializare, utilizare, și control al calităţii produselor de protecţie a plantelor, al reziduurilor de pesticide în plante și produse vegetale, precum și al utilizării durabile a pesticidelor.